组织机构在公司治理中具有特殊地位。因为无论是投资协议、公司章程还是公司制度、流程，都需要具体的主体来实施和执行，这个主体就是组织机构及其组成人员，因此，组织机构在公司治理三大支柱中最具有能动性。那么，公司的组织机构有哪些呢？首先，就是所谓的“三会一层”：股东（大）会、董事会（或执行董事）、经营管理层（经理）。
先讲股东（大）会。公司法将有限责任公司的权力机构称为股东会，而将股份公司的权力机构称为股东大会，其实殊无必要。股份有限公司的股东并不必然比有限责任公司的股东数量多，而且多到什么程度才可称之为“大”也没有明确的标准。如果看看我们的公司法司法解释，就会发现这个区分还带来了文字的累赘。尽管立法极其讲究文字的精简，但因为公司法已经将股东会、股东大会作了区分，公司法司法解释也只好不厌其烦的大量使用“（大）”来对二者予以区分。所以，建议公司法以后将二者统一，称之为股东会就好了。
股东会既然是公司的权力机构，就对公司治理具有了决定性影响力。从《公司法》第37条明确规定的其十项职权来说，也都是对公司具有根本性影响的事项。关于股东会，有两件事需要重点说明，一是《公司法》第37条规定的“公司章程规定的其他职权”，二是第42条规定的“股东会会议由股东按照出资比例行使表决权；但是，公司章程另有规定的除外”。也就是说，股东会的职权不限于列明的十项，公司可以根据实际情况增设股东会的职权。但是，股东会的增设职权应当与《公司法》第46条规定的董事会职权、第49条规定的经理职权理顺好关系，尤其不得重复或冲突。此外，股东会的表决规则以出资比例为原则，以另有规定为例外。此处的出资比例强烈建议在公司章程中写明是认缴出资比例还是实缴出资比例。
在这里，需要谈一下注册资本认缴登记制。
2014年国务院发布的《注册资本登记制度改革方案》规定“除法律、行政法规以及国务院决定对特定行业注册资本最低限额另有规定的外，取消有限责任公司最低注册资本3万元、一人有限责任公司最低注册资本10万元、股份有限公司最低注册资本500万元的限制。不再限制公司设立时全体股东（发起人）的首次出资比例，不再限制公司全体股东（发起人）的货币出资金额占注册资本的比例，不再规定公司股东（发起人）缴足出资的期限。”这个被称之为“松绑”的政策，确实极大促进了公司注册数量增长，对创业者也十分友好。然而，凡事有一利必有一弊，彻底放开后的认缴登记制副产了大量不诚信的行为，有的产生了严重后果。大量公司，净资产很小，有的甚至负资产，但注册资金动辄百万起步，有的甚至数千万至数亿元，“打肿脸充胖子”——这还算可以理解，有的设立注册资金数额巨大的公司，其目的是欺诈，就属居心叵测了。注册资金认缴制实施近十年，我认为是需要反思和调整的。至少实行20%注册资金实缴的登记制度，很有必要。一是将纯粹想空手套白狼的动机不纯者拒之门外，二是让冲动创业者三思而后行，三是大量减少水分十足的巨额注册资金公司，四是不要让劣币驱逐良币，五是对无知创业者的善意保护——有的人还没搞清什么是认缴制就在一周之内将公司注册完毕，等到股东出资出现加速到期情形的时候，才后悔莫及。
股东出资加速到期在《九民纪要》和《公司法（修订草案二次审议稿）》中均有提及。例如《九民纪要》第6条指出“债权人……请求未届出资期限的股东在未出资范围内对公司不能清偿的债务承担补充赔偿责任的，人民法院不予支持。但是，下列情形除外：（1）公司作为被执行人的案件，人民法院穷尽执行措施无财产可供执行，已具备破产原因，但不申请破产的；（2）在公司债务产生后，公司股东（大）会决议或以其他方式延长股东出资期限的。”《公司法（修订草案二次审议稿）》第53条规定“公司不能清偿到期债务的，公司或者已到期债权的债权人有权要求已认缴出资但未届缴资期限的股东提前缴纳出资。”这些规定，也算是为注册资本认缴登记制打补丁吧。