投资协议与公司章程除了前文谈到的几个问题，还有如下问题值得重视。
第一，存在多个文件版本，甚至文件之间相互矛盾。
一般来说，投资协议与公司章程是相互支持、相互印证、相互解释的，而且很多公司章程就是在投资协议基础上制定的。然而由于随意性和情绪性，投资协议和公司章程“不同文件之间打架”、“同一文件不同版本之间打架”的情形并不少见。最令人沮丧的莫过于代表各方最终真实意思的文件手续不完备（或没有签署，或没有备案），而并不能代表各方真实意思的文件却手续齐全。
还有一个就是公司章程的变化。随着合作的推进，目标公司可能不断对公司章程进行修改。除非公司章程另有约定，对公司章程进行修改并不需要全体股东都同意，这有可能让少数表决权股东被动接受修改后的公司章程。
所以，无论对于“大股东”还是“小股东”，都要对这些可能发生的情况有所预见，做好防范：
1、在投资协议做好安排，包括与公司章程矛盾时的处理规则，公司章程修改的规则，尤其要注意签署多个版本文件时或者声明以何者为准，或者注明签署时间。
2、法人股东签署文件的时候，最好“签名”、“盖章”、“日期”三要素齐备。有的法人股东，因工作人员不专业、不细心，在办手续时盖一个章就完事，时过境迁，很容易成为“糊涂账”——不知道经办人是谁，不知道盖章日期是哪天。
3、备案的公司章程具有公示的效力，无论内部是否以其为准，对于其中的出资金额与出资时间、对外担保等事项务必不可随意填写，最好能与真实情况一致。
4、对“股东资格”作出规定。我们都知道，《公司法》第146条规定了不得担任公司的董事、监事、高级管理人员的情形，比如“因贪污、贿赂、侵占财产、挪用财产或者破坏社会主义市场经济秩序，被判处刑罚，执行期满未逾五年，或者因犯罪被剥夺政治权利，执行期满未逾五年”等等。那么问题来了，是否也可以凭空造出一个公司的“股东资格”呢？笔者认为是没有问题的。要么在投资协议，要么在公司章程中，明确约定哪些情形股东将丧失“资格”，必须将股权转让给其他股东或者由公司回购（公司回购有一定风险，关于此问题将专题探讨）。丧失“股东资格”主要限于：（1）股东损害公司利益；（2）股东与公司同业竞争；（3）股东失去特定的资质或能力等情形。且丧失股东资格一般来说也不能搞“净身出户”，而要以合理价格购买其股权。但是，投资协议约定，股东严重损害公司利益的（列举具体表现），应当“净身出户”，可视为一种违约责任，其效力是没有问题的。
第二，公司章程是合同吗？投资协议当然是合同，但公司章程呢？对此，并无统一意见，通说认为是自治规则，但认为是合同的也不在少数。搞清楚这个问题，涉及到公司章程对外效力，具有一定现实意义。
笔者认为，公司章程在性质上是一类特殊的合同。说其是合同，因为公司章程是发起股东之间经过协商后，就公司设立、治理、解散等有关事项达成的一致意思表示，与合同成立过程基本一致。而且公司章程内容也主要是对股东权利义务的安排——当然，此处“股东”需作扩大化解释。但公司章程与普通合同相比有其特殊性：（1）公司章程制定受到法律的限制，股东必须在法律规定的框架内制定公司章程，即法律对公司章程的干预程度大大超过普通合同；（2）公司章程效力及于发起股东以外的新股东、董事、监事、高管、本公司等，大大突破了普通合同所具有的“相对性”。
然而，与一般的自治规则不同，公司章程之所以能约束董事、监事、高管等，是因为这些人选择了接受公司章程的约束，也就是说，他们有不接受约束的自由——此处不留爷自有留爷处。而在一般的自治规则里，自治对象是没有自由选择权的。公司章程的这一点有点类似于“加入”：已经有一个规则了，我选择新加进去，愿受其约束。
既然公司章程属于特殊的合同，我们在制定公司章程时就不妨有部分合同的思维：设置违约责任。例如前文所述的股东“除名”，董事、高管违反忠实义务的后果等等，这样的公司章程更具有可操作性。