制度流程是公司治理第三大支柱，缺少制度流程作为支撑的公司治理必然是无序混乱且低效无活力的。这是因为，以“三会一层”为核心的主体，尽管能在《投资协议》（股东协议）和公司章程的基础框架下开展一些活动，但由于这个基础框架过于粗线条，有的事项缺乏操作性内容，使得会议等活动容易陷入无休止争论，从而难以实现活动目的。
那么，公司治理的制度流程主要有哪些呢？
首先，是关于开会的制度流程。众所周知，会议是开展公司治理的重要形式。但是如何开会，不论是《公司法》，还是《投资协议》和公司章程对此的规定都十分有限。这就需要制定详细的关于开会的制度流程。一般来说，公司治理较为规范的企业会制定三大议事规则：股东会议事规则、董事会议事规则和总经理办公会议事规则，设监事会的企业还会制定监事会议事规则。这些议事规则就是解决如何开会这个问题的——从会议的通知（包括通知的方式、时间），主题和议案的提出与收集，会议的签到，到会议的主持，会议的议程，会议的记录与存档等，每个环节均有据可依。尤其是涉及到议案的提出、收集、讨论、审议与表决这一核心事项，有章可循，不至于为了一个程序争论不休，或者事后发生争议纠纷。除了议事规则以外，还可以制定一些具体的制度，例如关于提名的制度等。
其次，关于“人”的制度流程。此处的人是指具体的在公司具有一定职务和身份的自然人，例如担任董事（长）的人，担任法人代表的人，担任高管的人，担任监事的人等等。组织机构的职能最终需要一个个具体的人来执行。例如股东会，不论股东是法人、非法人组织还是自然人，实际参加会议的必然是自然人。这些参加会议的人，因为得到股东的授权或本身就是股东，他们的行为代表了股东的意志。因此，关于人的制度流程也很重要。
关于人的制度流程主要有如下几个方面：第一，关于任职资格的制度；第二，关于授权的制度与流程；第三，关于履行职务的制度与流程；第四，关于追责的制度与流程。例如，公司的董事长或总经理，他应当具有哪些任职资格，公司对他是否有特别的授权，他又怎样对别人进行授权，他如何履行自己的职责，如果失职又应当怎么追究其责任等等。
第三，是关于公司治理与经营管理衔接的制度流程。公司治理一般涉及的是宏观的、顶层事项或问题，例如如何带领、管理及控制公司，而经营管理涉及的是更加微观、具体的事项或问题。就公司治理本身来说，已经包含了管理层的若干安排，因而实际连接了公司的经营管理。但总体上，公司治理与公司的日常经营管理还是两个相对独立的体系。因此，良好的公司治理的制度流程就应当顾及到公司治理与经营管理的衔接。
由于公司法对股东会、董事会的职权有相当程度的授权，这就给予了股东会和董事会部分参与具体经营管理的空间。如果不考虑这种授权形成的例外情形，就一般情形而言，我们认为公司治理的安排走向具体经营管理，是需要相应制度流程作保障的。尤其是《公司法（修订草案三审稿）》将经理的职权作了较大修改，其第74条规定“经理对董事会负责，根据公司章程的规定或者董事会的授权行使职权。”这一修改，就更加需要在公司治理中对经营管理预留足够“接口”，使得公司章程对经理职权的规定及董事会关于给经理授权的决议变得必不可少。因此，研究制定关于对经理层授权及对授权进行调整的制度和流程，在修订后的新公司法实施后，将是公司的一项重要工作。
此外，《公司法》和《公司法（修订草案三审稿）》都规定了董事会“决定公司内部管理机构的设置；制定公司的基本管理制度”的职权，《公司法》还规定了经理“拟订公司内部管理机构设置方案；拟订公司的基本管理制度；制定公司的具体规章”的职权。因此，将这些职权落地，就会要求公司制定相关的制度和规章。
总之，制度流程既是公司治理实施的保障，也可能是公司治理实施的结果。好的、完善的制度流程，有利于良好的公司治理；相反，则公司治理可能陷入困境。